Rentrant en France en 1796, il fut attaché au dépôt des cartes et plans de la marine, comme ingénieur hydrographe, puis, en 1799, comme sous-conservateur. Il rédigea le récit de son voyage, en dressa les cartes et établit ensuite un Atlas de la Baltique.
Vers 1803, en prévision du débarquement en Angleterre, NAPOLEON le chargea d’établir la carte de l’Escaut et de reconnaître les côtes de Dunkerque à Anvers. Grâce à ces travaux, il dévoila l’accessibilité d’Anvers aux vaisseaux de ligne de toutes tailles. En 1804, il fut nommé hydrographe sous-chef de la marine et élevé au grade de Chevalier de la Légion d’Honneur. En 1806, il fut chargé d’explorer la côte dalmate. Trois ans après, il remettait à NAPOLEON, victorieux à Wagram (1809), en résidence à Schoenbrun, les documents demandés. L’Empereur, émerveillé, conférât à BEAUTEMPS-BEAUPRE la couronne de fer. En 1810, il entra à l’Académie des Sciences, au siège devenu vacant par le décès de de FLORIEUX, dans la section géographie et navigation, soutenu dans sa candidature par Jean Nicolas BUACHE.
Le 6 juin 1814, Louis XVIII signa une ordonnance relative à l’exploration des côtes occidentales et septentrionales de la France. Aidé de dix ingénieurs officiers de marine, BEAUTEMPS-BEAUPRE travaillera pendant vingt deux ans pour remettre une collection de cent vingt sept volumes in-quarté, documents nécessaires pour dresser le plan de tout notre littoral. Cette œuvre colossale, dénommée « le nouveau pilote français » fit l’admiration des connaisseurs, même étrangers. Les anglais eux-mêmes, habituellement si parcimonieux dans les éloges, le qualifièrent du titre de « père de l’hydrographie ». En 1844, LOUIS PHILIPPE le nommera, pour ce travail, Grand Officier de la Légion d’Honneur. En 1839, à soixante treize ans, il embarqua sur le premier vapeur, pour étudier le régime des barres, à l’embouchure de la Seine.
BEAUTEMPS-BEAUPRE fut admis à faire valoir ses droits à la retraite, le 25 septembre 1848.
Sur demande de NAPOLEON III, alors Président de la République, le sculpteur DEPREZ exécuta un buste étonnement fidèle du noble octogénaire. Ce buste fut déposé ensuite dans la grande galerie du dépôt de la marine. En 1844, BEAUTEMPS-BEAUPRE perdit sa compagne, Madame FAILLOL ; ceci altéra son humeur mais, bien que sa santé fut plus fragile, il continua à recevoir des scientifiques, dans sa modeste demeure, sise 54 rue des Saints Pères. Il décédait le 18 mars 1854, laissant deux fils.
Dans un « classeur » réalisé par les élèves de La Neuville-au-Pont et remanié en 1975, sous la direction de leur instituteur Jean-Claude VIBOU, les élèves explorèrent la vie de leur illustre concitoyen et glanèrent bien des informations. Ils écrivaient : « Lors de ses obsèques, un véritable hommage lui fut rendu dans l’église Saint Thomas d’Aquin. Son nom est resté synonyme de « Service, Honneur et Nationalisme » et sa grande bonté faisait dire à la Marquise de LAPLACE qu’il avait une âme antique. La gloire de BEAUTEMPS BEAUPRE, qui rejaillit sur son village et sa province natale, fut reconnue en maintes occasions. Son nom a été donné à plusieurs reprises à des bâtiments de la marine militaire, croiseurs ou navires océanographiques. On a célébré, en 1954, le centenaire de sa mort, par plusieurs manifestations : conférence à l’Académie de Marine, publication dans la revue Maritime d’une notice sur sa vie et son œuvre, exposition au Palais de Chaillot, dans le musée de la Marine, de soixante-dix pièces de souvenirs se rapportant au savant hydrographe. En outre, sa tombe, au cimetière du Père Lachaise, fut restaurée à cette occasion et une plaque posée sur l’immeuble de la rue des Saints Pères, dans laquelle il s’éteignit, après une douloureuse maladie.

Le domicile de BEAUTEMPS-BEAUPRE à Paris, 54 rue des Saints Pères - VIIème